海洋学院的办学历史可追溯到1957年的海洋水文专业。2004年学校成立海洋学院(与交通学院联合办学),2015年10月18日独立设置海洋学院。
学院目前设有四个系:物理海洋系、海洋技术系、海洋生物系、海洋地质与地球物理系;五个研究所:海洋动力与环境研究所、海洋气象与气候研究所、海洋观测与预报技术研究所、海洋生物研究所、海洋地质研究所;建设有面积约2200平方米的海洋科学实验中心;独立建设江苏省海洋生物资源可持续利用工程研究中心、教育部科教融合中心(河海大学与国家海洋环境预报中心科教融合共建平台),共建自然资源部海洋灾害预报技术重点实验室、海岸灾害及防护教育部重点实验室。2019年以来为江苏省海洋学会理事长和秘书长所在单位。海洋科学实验中心获评全国海洋科学教育基地、江苏省自然资源科普基地,海洋学院科普活动获评全国科普日优秀活动。
学院不断加强师资队伍建设,现有教职工107人,其中专任教师82人(100%具有博士学位,教授20人,副教授39人),外籍全职教授1人,教师队伍中拥有河海大学“双聘院士”1人,国家级高层次人才工程入选者2人,国家级青年人才计划入选者4人,自然资源部高层次科技创新人才工程入选人才1人,教育部海外引才专项计划入选者2人,江苏省自然科学基金杰出青年基金获得者1人,江苏省“双创”人才2人、“双创”博士12人,江苏省特聘教授2人,江苏省“333”第三层次1人,江苏省第六期“333人才”“卡脖子”技术攻关人才1人,2022年度江苏省科协青年科技人才托举工程资助培养对象1人。学院还聘请了潘德炉院士、陈大可院士等60余名国内外著名海洋学家为兼职教授,直接参与学生的培养。